Alajeró sería incorporada, en fecha imprecisa, de manera pacífica al señorío creado por el conquistado de origen normando Jean de Bethencourt. Este importante cambio supuso para la comunidad indígena de la isla un profundo proceso de aculturación que culminaría en 1488 con la violenta represión efectuada por Pedro de Valera sobre la población autóctona tras el asesinato de Hernán Peraza al que los nativos acusaban de haber roto los acuerdos establecidos entre indígenas y castellanos.

Tras el grave retroceso demográfico sufrido en la isla tras la ocupación europea, unido a la escasa afluencia de colonos de esta procedencia, acabaría por determinar que las tierras de nuestro pueblo fueran dedicadas principalmente a la explotación ganadera en régimen extensivo.

Las primeras noticias de que disponemos sobre la presencia de colonos europeos en la isla datan de los tiempos de la fundación de la ermita de San Lorenzo en el valle de Arguayoda, en torno al año 1502, y de la data del valle de Imada, otorgada en 1519 a Guillén Pereza y Francisca Muñoz, por su primo, Guillén Peraza de Ayala, señor de la Isla y descendiente del asesinado Hernán Peraza.

Tras un primer momento de expansión colonial en la isla, provocado, fundamentalmente, por la creciente demanda de grano de las comunidades agrarias dedicadas a los cañaverales y vides de los núcleos cercanos y las comunidades del barlovento insular, este proceso se invertiría durante el último cuarto del siglo XVI como consecuencia de una caída brusca de la demanda de grano por parte de estas comunidades. Pero fue un proceso de corta duración. A lo largo del siglo XVII la isla desarrolló de manera importante el cultivo de la viticultura, cuyos caldos y aguardientes cubrían la demanda local y sus excedentes eran exportados al mercado colonial americano.

Los cereales de Alajeró también se convirtieron en uno de los pilares básicos de la economía del municipio. Este apogeo económico propiciaría que los señores del lugar fomentaran el asentamiento de nuevos colonos que ocasionaron, a su vez, un importante aumento demográfico en el pueblo, ascenso que, sin duda, redundaría en una mejora de las actividades productivas de lugar; no olvidemos que la despoblación de la isla era uno de los problemas más importantes; en 1587 el total de vecinos de La Gomera ascendía a tan sólo 253, uno 1.000 habitantes.

 La brillante economía del lugar hizo que en el año 1675, durante el condado de Juan Bautista Ponte Ayala y Rojas, los 400 habitantes de Alajeró, decidieran la creación de la parroquia, segregada de la villa-capital, comprometiéndose a sostener al párroco con una aportación anual de 40 fanegas de trigo. La segregación plena y definitiva tendría lugar en 1681, momento en el que el lugar comienza a contar con alcalde pedáneo, elegido por el propio señor hasta 1772, y a partir de esa fecha entre dos personas propuestas por los vecinos.

Esta bonanza económica también se habría de traducir en un considerable aumentó demográfico. Disponemos de cifras globales para toda La Gomera. Si en 1676, uno de los años de más incidencia de la peste en el suelo peninsular, los habitantes de la isla eran 4.213, en 1678, éstos alcanzaban los 4.661, es decir, un aumento del 9,69% en tan sólo dos años. Por su parte, el número de individuos por familia no resultaba muy diferente al de la Península. En La Gomera era en el año 1678 de 4,14 y en 1680 de 4,65. Cifras muy similares a las del resto de las islas. Por ejemplo en ese mismo año de 1678 en Tenerife el número era de 4,28, en Fuerteventura de 4,10, en Gran Canaria de 4,27 y en La Palma de 3,96.

A lo largo del siglo XVIII la historia de Alajeró se caracteriza fundamentalmente por una economía en alza y un crecimiento demográfico, consecuencia de lo primero, ciertamente destacado. De los 453 habitantes con que contaba el lugar en 1688 se pasó a los 681 en 1772 y a los 841 en 1802. El censo efectuado en 1787 por Floridablanca es una de las fuentes de mayor importancia para conocer las realidades sociales y económicas de la España de finales del Antiguo Régimen. En aquel año Alajeró aparecía todavía como lugar, pertenecía a la intendencia de Canarias y al partido de La Gomera.

Tenía 708 habitantes de los que 332 eran varones y 376 mujeres. A su vez, había 478 solteros divididos en 222 hombres y 256 mujeres. El número de casados era de 189, con 97 varones y 92 mujeres. Finalmente, había 41 personas viudas, con una división de 13 varones y 28 mujeres.

Muy interesantes son los datos que nos ofrece el Censo para conocer la composición socio-económica de nuestro pueblo, ejemplo de un núcleo rural característico de las sociedades estamentales de finales del Antiguo Régimen. Se contabilizaban 1 cura, 4 hidalgos, 50 labradores, 10 jornaleros, 12 criados, 1 persona con sueldo de la Casa Real, 60 individuos con fuero militar y 5 demandantes. El número de personas menores de edad o sin ocupación conocida ascendía a 565.

Por aquellos años la producción anual de cereales alcanzaba las 5.000 fanegas; viñedos, frutales, hortalizas y legumbres eran el resto de cultivos que dinamizaban la brillante economía de Alajeró.

Sin embargo, y a pesar de estas impresionantes cifras económicas, las realidades profundas de la vida cotidiana propiciaron revueltas antiseñoriales en toda la isla a lo largo del siglo XVIII. Se desconoce si los vecinos de Alajeró participaron en alguna de ellas, aunque es posible suponer que los poderosos terratenientes de lugar actuaran de idéntica manera a como lo hacían sus homónimos en otros lugares de La Gomera y que la respuesta de los vecinos fuera también idéntica a la de otros núcleos rurales de la isla.